Po zakończeniu II wojny światowej, Olsztyn przyjął niewielką grupę Żydów. Jednak nie byli to dawni mieszkańcy tego miasta, którzy padli ofiarami Holocaustu. Żydzi, którzy opuścili Olsztyn i Niemcy przed wojną, nie zdecydowali się na powrót na Warmię.
Na progu 1946 roku, w Olsztynie powstał Okręgowy Komitet Żydowski. Jego inauguracyjne spotkanie zgromadziło 57 osób, podczas gdy liczba Żydów mieszkających w mieście wynosiła ok. 150. Czołową postacią Komitetu był Michał Szaft, a po nim funkcję prezydenta objął Szymon Szafirsztein. W ramach struktur społeczności żydowskiej działała także Żydowska Kongregacja Wyznaniowa, której misją było umożliwienie swobodnej praktyki religijnej dla wyznawców judaizmu.
Jednym z zadań Kongregacji było zabezpieczenie założonego w 1818 roku cmentarza żydowskiego przy ulicy Zyndrama z Maszkowic, który przetrwał do 1945 roku, choć był dwukrotnie dewastowany podczas okupacji hitlerowskiej. Komitet Organizacyjny Żydowskich Kongregacji Wyznaniowych w Polsce zwrócił się do olsztyńskiej Kongregacji o pomoc w sprawie potencjalnej sprzedaży nagrobków z cmentarza żydowskiego oraz z innych miejscowości przez lokalną firmę. Ta sytuacja skłoniła zarząd Kongregacji do podjęcia kroków w celu zabezpieczenia cmentarza, w tym uporządkowania terenu, budowy ogrodzenia i zatrudnienia stróża, co miało miejsce w 1947 roku – informują Renata i Witold Gieszczyńscy w swoim artykule „Żydzi na Warmii i Mazurach po II wojnie światowej: zarys problematyki”.
Wraz z powstaniem państwa Izrael, liczba Żydów w Olsztynie drastycznie spadła. Na początku lat 50. ubiegłego wieku mieszkało ich już tylko kilkunastu. Jednym z nich był Marian Smoliński, który troszczył się o cmentarz (gdzie ostatni pogrzeb odbył się w 1949 roku, a oficjalne zamknięcie nastąpiło w 1955 roku) i starał się zapobiec jego dalszej dewastacji.
Koniec lat 50. to smutny okres dla tej nekropolii. Na zlecenie Prezydium Miejskiej Rady Narodowej w Olsztynie, robotnicy usunęli część nagrobków, kopali groby i uszkodzili ogrodzenie.